Le CCSP est un organe de surveillance indépendant et impartial dont les missions sont:

- contrôler de manière indépendante toutes les prisons belges, le traitement réservé aux personnes détenues et le respect des règles les concernant ;
- soumettre des avis à la Chambre des représentants, au ministre de la Justice et au ministre de la santé sur l'administration des établissements pénitentiaires et sur l'exécution des peines et mesures privatives de liberté ;
- créer des Commissions de Surveillance (CdS), en assurer l'appui, la coordination et le contrôle du fonctionnement ;
- rédiger un rapport annuel à l'attention du Parlement, du ministre de la Justice et du ministre de la santé.